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松本 淳; Tobias, I.*; Olson, W. K.*
Journal of Chemical Theory and Computation, 1(1), p.117 - 129, 2005/01
被引用回数：11 パーセンタイル：35.72(Chemistry, Physical)著者らは、すでに数百塩基対からなる線形のDNAの低振動モードを研究する手法を開発している。ここでは、拘束条件を加え、さらにエネルギー極小化のステップを加えることにより、空間的に制約の加わった二重らせんDNAの立体構造の動的構造の解析を行えるようにした。最初の応用として、平衡状態でまっすぐなDNAの両端をつないで環状にして、その環状DNAの動的構造の解析を行った。
松本 淳; Tobias, I.*; Olson, W. K.*
Journal of Chemical Theory and Computation, 1(1), p.130 - 142, 2005/01
被引用回数：9 パーセンタイル：30.02(Chemistry, Physical)著者らは、平衡状態で曲がっているDNAを用いて環状構造を作り、その動的構造の解析を行った。このような環状DNAは、まっすぐなDNAから作られた環状DNAよりも構造変化がより容易に起こされることが示された。また環状DNAでは、ねじれのエネルギーが蓄積されると、大規模な構造変化を起こし、8の字型の構造になる。基準振動解析とエネルギー極小化を用いることにより、環状から8の字型への構造変化の行程を明らかにすることができた。
泉 雄大; 山本 悟史*; 藤井 健太郎; 横谷 明徳
no journal, ,
DNA wraps around core histone proteins composed of several subunits, named as H2A, H2B, H3, and H4, in eukaryotic nuclei. The knowledge that histones play a substantial role in DNA damage responses (DDRs), such as DNA repair, has increased over time. However, dynamics of histones in chromatin during DDRs is still an open question. In this work, we measured circular dichroism (CD) spectra, which are sensitive to structural changes in proteins, of H2A and H2B (H2A-H2B) extracted from X-irradiated human cells to investigate whether DDRs induce structural alterations of histones. The CD spectra show that 
-helix content of H2A-H2B in X-irradiated cells is larger than that in unirradiated cells. In contrast, -helix content of X-irradiated H2A-H2B decreased comparing to that of H2A-H2B in unirradiated cells. This result shows that increment of -helix structure of H2A-H2B observed in X-irradiated cells is not induced by prompt X-ray damage. Therefore, we concluded that DDRs, such as DNA damage repair processes, induced the structural alterations of H2A-H2B.
